概括
故事情节讲述了箱庭学园一年级学生黑上美高的故事,她以 98% 的得票率当选为学生会主席。她以不正当的方式处理这些请愿书,并在儿时好友人吉善吉的帮助下,设立了意见箱。在整个叙述过程中,学生会领导职位由她分配给其他学生,如喜界岛莫甘娜和阿久根光辉。
学生会得知,学院主席打算启动一项对普通学生进行强力实验的工作,即“烧瓶计划”,称为“正常人”,以便将他们变成“异常人”,即具有超人能力的人。学生会与其他参与工作的学生发生冲突,并潜入学校的秘密实验室。
不久之后,想要用自己的青鳉取代学生会的美曾木熊川向学生会冠军发起挑战。球磨川战败后,两名学生被他的力量解封,并完成了前往箱庭学园的运送。这两个人往往比异常者更强大,被称为“不等于”。他们的领袖安心院威胁要在青鳉毕业后重启烧瓶计划,并迫使他们的继任者接受学生会的培训。不过,安心院的正确策略应该是篡夺善吉学生会长的地位。 Zenkichi 取得了成功,并以改善学生生活为幌子。他说服梅达卡允许那些并非不愿意的人实施烧瓶计划。
梅达卡接替了学生会主席的职务,不久就参加了一场决定她丈夫的锦标赛。青鳉成为胜利者,在两人毕业并进入自己的世界后选择与善吉结婚。不久之后,善吉的好朋友不知火半袖离开了学校。善吉和青鳉发现她最终将成为 5000 岁生物 Iihiko Shishime 的另一位主人。他被青鳉击败,并在退出月球撞击地球后消失,只是为了在年终服务中及时重新出现。她回来后,接替她父亲的职位,领导她家族的企业集团黑神集团,但后来作为新任董事长和梅达卡决定离开学院,她又回来了。十年后,善吉在黑神集团一步步晋升,成为一名高级工人,然后与她重逢,两人发誓再也不会分开。